A Citometria de fluxo é capaz de analisar simultaneamente diversos parâmetros de células ou partículas em suspensão. A dispersão da luz fornece dados relativos ao tamanho e à granularidade da partícula. Moléculas ou estruturas de interesse podem ser estudadas por marcação com fluorocromos ou anticorpos monoclonais acoplados a fluorocromos.  A contagem dos linfócitos T helper(CD3+ CD4+) é extremamente útil na caracterização e monitoramento de algumas imunodeficiências e doenças autoimunes. A determinação dos LT helper permite o monitoramento dos indivíduos infectados pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) .