Quando anticorpos do tipo IgE são ativados por determinado alérgeno, eles se ligam aos mastócitos, que possuem grande quantidade de histamina em seu interior. Neste processo ocorre a lise dos mastócitos e consequente liberação de histamina, dando inicio à resposta alérgica. A histamina é um dos principais mediadores deste processo, pois estimula a liberação dos anticorpos. Ela é a responsável pelos sintomas comuns associados como coceira, rubor, urticária, vômito e até mesmo o choque anafilático.
Níveis elevados de histamina auxiliam no diagnóstico de reações alérgicas e de mastocitose sistêmica, especialmente quando há sintomas gastrointestinais.