A pneumocistose é uma importante infecção oportunista em pacientes imunossuprimidos, particularmente os infectados pelo HIV, mas também os transplantados ou os que possuem outras etiologias de imunodeficiência.  A quantificação do DNA de Pneumocyistis jirovecii por PCR no lavado broncoalveolar e em outros materiais é mais sensível do que as técnicas de pesquisa direta, além de mais específica e objetiva. Um resultado positivo corrobora o diagnóstico de pneumocistose, em conjunto com os dados clínicos e radiológicos, embora não possa ser considerado um diagnóstico definitivo, uma vez que o agente pode colonizar as vias aéreas de indivíduos saudáveis ou de pacientes imunossuprimidos. A literatura ainda não é consensual em relação aos valores de corte capazes de discriminar infecção de colonização: quantificações superiores a 30.000 cp/mL apresentam maior valor preditivo positivo para infecção. Por sua vez, um resultado negativo não exclui o diagnóstico, visto que o fungo pode estar presente em níveis indetectáveis na amostra analisada.