O fator B se liga ao C3b, é ativado pelo fator D com formando o fragmento Bb, gerando o complexo C3bBb que cliva o fator C3 pela C3 convertase.
A determinação do fator B é útil na diferenciação entre a ativação da via clássica ou da via alternativa em situações de consumo de complemento. Há consumo do fator B na CIVD, na endocardite bacteriana, na glomerulonefrite mesângio-capilar tipo II (depósitos densos intramembranosos) e deficiências de fatores H ou I.