O gene HLA-A encontra-se no  sistema HLA, no braço curto do cromossomo 6, região altamente polimórfica. A genotipagem de genes do sistema HLA em média resolução geralmente é realizada em casos de transplante de medula óssea e órgãos sólidos, onde são comparados os resultados entre doador e receptor.  Solicita-se ainda, a genotipagem dos genes deste sistema para o estudo de doenças autoimunes ou doenças genéticas associadas à resposta imune.